澳科大风湿病研究团队又获新突破
全球首个大鼠肠道菌群基因集构建完成

近日，全球首个大鼠肠道微生物参考基因集的构建完成，最新研究成果在线发表于国际著名出版集团Oxford acdemic旗下的GigaScience期刊。该项工作由澳门科技大学中药质量研究国家重点实验室刘良讲座教授主持，联合深圳华大生命科学研究院宏基因组学研究所及深圳国家基因库共同完成。

斯泼累格-多雷（Sprague-Dawley，SD）大鼠是非常重要的实验动物，广泛用于制作研究与人类疾病相关病理生理过程的动物模型，包括类风湿性关节炎等风湿病。为研究肠道菌群与类风湿性关节炎发病的潜在关系，以及阐明药物干预对肠道菌群和实验性关节炎的动态影响，该团队建立了包含约510万个非冗余基因的SD大鼠肠道微生物参考基因集，约为大鼠自身基因的200倍，并且趋近于饱和。其中，64.6%的基因可注释到物种门水平，主要归属于厚壁菌门（75.90%）、拟杆菌门（10.83%）和变形杆菌门（6.77%）；26.7%的基因可注释到物种属水平，主要为梭菌属（8.74%）、拟杆菌属（6.25%）、罗斯氏菌属（4.75%）、瘤胃球菌属（4.44%）和毛螺菌属（2.58%）。同时，在基因功能水平上，53.1%的基因可以注释到 KEGG数据库（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）。将人类、小鼠和大鼠肠道微生物参考基因集进行了比较分析，发现大鼠肠道基因集与小鼠肠道基因集相比，无论在基因水平或是功能水平，均与人肠道基因集相似度更高。可见，SD大鼠是制作研究人类疾病与肠微生态相关性动物模型的最理想动物。

大鼠肠道菌群基因集的成功建立，是肠微生态与疾病研究的重要突破。采用SD大鼠制作研究人类疾病的肠道菌群动物模型，能够为阐明复杂疾病的发生发展与肠微生态变化的内在关联，以及研发创新药物提供新的技术平台。研究团队负责人刘良讲座教授介绍说：我们在该基因集的基础上，正在运用中西药物及益生菌等干预手段调控大鼠肠道菌群，藉以阐释菌群改变与疾病转归的因果关联，进而研发治疗类风湿性关节炎等风湿病的新策略和新药物。

相关文章：A gene catalogue of the Sprague-Dawley rat gut metagenome（GigaScience, Volume 7, Issue 5, 1 May 2018, giy055）