基礎科目
BP12101中醫學基礎 (3學分)
本科目主要講授中醫學理論體系的形成和發展，中醫學的哲學基礎和主要思維方法以及中醫診察病情、分析、辨別證候的理論和方法，包括陰陽五行、藏象、氣血津液、經絡、病因病機、診法、辨證和防治原則等。
BP12102基礎化學 (2學分)
本科目主要講授計量單位、有效數字、溶液的物理性質、電解質溶液、緩衝溶液、膠體溶液、化學反應、氧化還原與電位、原子結構與周期律、分子鍵結、配位化合物、滴定分析、分光光度法、基礎有機化學知識、常見有機化合物結構及性質、對映異構、雜環化合物、高分子材料、有機合成及結構鑒定等。
BP12103基礎化學實驗 (1學分)
本科目主要進行實驗室安全、容量分析、分析天平稱量、緩衝溶液和膠體溶液配製、酸鹼滴定分析、氧化還原滴定分析、分光光度法、有機化合物合成等基本操作技能的訓練。
BP12104藥學基礎化學 (3學分)
本科目講授化學品安全及危害、元素週期表、化學鍵、配位化學、化學動力學（反應速率，電解質溶液和電化學熱力學等）、化學熱力學（熱力學第一定律、第二定律、多組分體系、相平衡體系、化学平衡等）、氧化還原反應、立體化學、常見化學官能團及性質、生物氧化還原及消除反應、有機化合物的定性、數據庫及資料查詢等知識。
BP12105藥學基礎化學實驗 (1.5學分)
本科目主要進行與藥學和生物醫學相關的有機化學反應、有機合成及結構鑒定等基本操作技能的訓練。
BP12106藥用植物學 (3學分)
本科目主要講授植物的細胞、組織及各器官（根、莖、葉、花、果實、種子）的形態學與解剖學知識，以及藻類、真菌、地衣、苔蘚植物、蕨類、裸子植物和被子植物的分類學知識，重點講授40多科植物的主要科的特徵和一些重要藥用植物。
BP12107藥用植物學實驗 (1.5學分)
本科目主要進行藥用植物形態和顯微觀察，以及組織解剖等基本操作技能的訓練，包括植物細胞、組織及各器官內部構造及植物各類器官的分部特徵，藻類、真菌、蕨類、裸子植物和被子植物的形態特徵和顯微特徵。
BP12201解剖及生理學 (3學分)
本科目主要講授基本的人體解剖結構和生理功能，包括內臟器官、骨骼和肌肉等的位置、結構和功能，以及常用專業名詞的意義。
BP12202解剖及生理學實驗 (1學分)
本科目主要通過實驗操作、實驗及媒體影片示範等，介紹解剖生理學實驗的常用器械及儀器、實驗基礎知識及操作技術、各器官的形態結構、細胞和組織的觀察方法、組織切片標本的制作過程、常用實驗溶液的配制、實驗報告的撰寫等，讓學生對人體結構及解剖生理學的實驗技術有具體的了解。
BP12203分析化學 (3學分)
本科目主要講授經典化學分析方法、電化學分析方法、色譜分析方法，质谱和光譜分析方法的基本理論、原則和基本知識。
BP12204分析化學實驗 (1.5學分)
本科目主要進行重量分析、酸鹼平衡滴定、絡合物平衡和滴定、氧化還原滴定、紫外分光光度法、紅外光譜法、薄層層析法、柱層析法、氣相色譜法、液相色譜法、质谱法等基本操作技能的訓練。
BP12205中藥學 (4學分)
本科目主要講授中藥的歷史、產地與採集、炮製、性能、配伍、用藥禁忌、劑量與用法等基本理論和知識，以及解表藥、清熱藥、瀉下藥、袪風濕藥、化濕藥、利水滲濕藥、溫裏藥、理氣藥、消食藥、止血藥、活血化瘀藥、化痰止咳平喘藥、安神藥、平肝息風藥、開竅藥、補虛藥等各類約300種中藥的來源、性味歸經、功效、應用、用法用量和使用注意等。
BP12206生物化學及分子生物學 (3學分)
本科目主要講授生物化學及分子生物學的基礎知識，包括細胞各組成分子，如蛋白、氨基酸、碳水化合物、脂肪、核酸和其它生物分子等的結構和功能，也包括原核生物基因的結構、遺傳信息的傳遞和基因表達的調控，以及這些生物分子與疾病的關係。
BP12207生物化學及分子生物學實驗 (1學分)
本科目主要通過實驗操作及媒體影片示範等，介紹生物化學及分子生物學實驗的常用儀器、實驗基礎知識及操作技術。學生通過學習多種生物化學及分子生物學實驗技術，從而對細胞基因提取、細菌培植、質粒提取法、酶的應用、基因克隆及聚合酵素鏈鎖反應等有具體的了解。
BP12208方劑學 (2學分)
本科目主要講授中醫方劑的組方原則與變化形式，方劑與治法的關係，方劑的分類、劑型、煎服方法等基本理論和基本知識，以及解表、瀉下、和解、清熱、溫裡、補益、固澀、安神、開竅、理血、理氣、治風、治燥、祛濕、祛痰、消食、驅蟲、湧吐劑等18類方劑中具有代表性的208首常用基礎方的組成、用法、主治、配伍意義及其加減運用。
BP12209中藥化學 (4學分)
本科主要講授中藥所含各種類型的化學成分的概念、化學結構、理化性質、生物合成以及它們的提取、分離、分析和結構鑒定的基本理論和方法。
BP12210中藥化學實驗 (1.5學分)
本科主要進行中藥化學成分的提取、分離、分析和鑒定等基本操作技能的訓練。
BP12301免疫學及微生物學 (3學分)
本科目主要講授人体免疫系統和微生物學基礎理論和知識，以及一些由這些系統的功能紊亂引起的疾病，包括自身免疫性疾病的發病機制和相關的免疫系統調控、微生物與人類交互的各階級的基本原則和概念、由細胞寄生蟲、蠕蟲和吸蟲所引起的疾病。
BP12302藥理學與毒理學 (4學分)
本科目主要講授藥物作用的基本原理和概念，藥物治療作用的科學基礎，中西藥物的區別，中西藥物合用的利弊，現代藥理學和毒理學的基本理論和方法。
專業科目
BP12303中藥藥劑學 (4學分)
本科目主要講授各種中藥常用劑型的概念、特點、配製理論、生產技術、品質控制與合理應用，中藥製劑常用輔料的種類、性質、特點和應用，中藥製劑生產常用設備的基本構造、性能和使用方法等，新劑型和新技術等。
BP12304中藥藥劑學實驗 (1.5學分)
本科目提供以中藥藥劑的製備與品質控制以及相關實驗技能為主的技術基礎培訓，包括各種中藥常用劑型（溶液劑、注射劑、軟膏、片劑、膠囊、丸劑、栓劑等）以及現代新劑型（如微囊、脂質體等）的製備、品質控制、穩定性試驗和藥物溶出度測定等內容。
BP12305中藥鑒定學 (4學分)
本科目主要講授中藥的來源、產地、採收加工、性狀鑒別、顯微鑒別和理化鑒別等基本理論和知識。
BP12306中藥鑒定學實驗 (1.5學分)
本科目主要進行藥材性狀、顯微和理化鑒定的方法及技術的培訓，包括藥材原植物及標本觀察、組織切片和粉末的顯微觀察、理化分析。
BP12307中藥炮製學 (3學分)
本科目主要講授中藥炮製的基本理論、炮製品的臨床應用、常用炮製方法等基礎知識，以及常見中藥炮製品種的歷史沿革、炮製工藝、性狀標準、炮製原理、炮製研究等內容。
BP12308中藥藥理學 (3學分)
本科目主要講授中藥藥理學的基本理論體系、影響中藥藥理作用的因素、與各類中藥功效相關的藥理作用、常用單味中藥的藥理作用以及安全用藥等。
BP12309中藥藥理學實驗 (1學分)
本科目主要進行常用的實驗動物操作、疾病的動物模型製作、藥理實驗方法操作、中藥藥理作用測試、實驗數據分析和報告撰寫等方法及技術的培訓。
BP12401中藥分析 (3學分)
本科目主要講授中藥成分定性及定量分析的各種方法和技術，包括中藥分析的一般特點、分析的步驟、各種現代儀器分析的原理、方法、特點及在中藥分析中的應用，以及中藥和中藥製劑質量標準的通則檢查。
BP12402中藥分析實驗 (1學分)
本科目通過具體的实验使學生掌握各種分析方法在中藥分析中的應用，切身認識多種現代分析方法的原理、儀器設備、操作過程、適用範圍、優越性以及局限性等，並學會數據的分析處理。
BP12403生物藥劑學 (2學分)
本科目主要講授藥物及劑型在體內吸收、分佈、代謝與排泄過程的性質定義、特點規律、影響因素和調節方法，藥動學的基本概念、常用參數、隔室模型以及應用隔室模型理論求算藥動學參數的方法等。
BP12404藥事管理學 (2學分)
本科目主要講授藥事管理的基本概念、內地和澳門的藥事管理立法，國際藥事管理政策，藥品註冊管理，藥品標識物及廣告管理，藥品經營管理，澳門藥劑師、藥房、藥品和中藥的管理，澳門的制藥行業等，藉此指導學生認識藥事管理的運行及其規則。
BP19301中藥學實習 (12學分)
本科目主要進行藥用植物學、中藥鑒定學、中藥炮製學、中藥藥劑學和中药质量控制等方面的實習，實習地點主要選擇中藥園或/和植物園、中醫院或中醫診所的中藥房、中藥生產企業等，實習形式以帶教老師的指導下的實際操作學習為主、參觀見習為輔，實習時間為第三學年後的暑假期間。
BP12405專題研究 (15學分)
第四年級的學生將在導師指導下獨立進行某個專業領域內的專題研究，包括进行文獻檢索及綜述、設計研究方案和實驗步驟、進行實驗操作、數據处理及結果分析，課題完成後就研究結果撰寫論文並進行專題彙報，使学生进一步強化所學到的理論知識，并具備一定的獨立研究能力。
專業選修科目
BP12211中醫營養食療學 (2學分)
本科目主要介紹中醫營養食療的發展淵源、臨床意義、食物及藥物的性能，以及古今醫家運用食物防治各系統疾病的經驗。
BP12212醫學倫理學 (2學分)
本科目主要講授醫學倫理學的歷史、發展、原則、理論和方法學、現代醫學倫理等。
BP12311中醫養生康復學 (3學分)
本科目主要介紹中醫養生康復的基本理論及基本原則、康復具體措施、康復評定法及辨証康復的方法、抗衰老的機制及抗衰延年的主要方法。
BP12312中藥資源學 (3學分)
本科目主要講授中藥資源的基礎知識，包括中藥資源的一般概念，我國中藥資源的種類、分佈概況、蘊藏量，道地藥材的概念和GAP的有關知識，中藥資源的開發利用和可持續發展，以及中藥資源的調查研究方法等。
BP12406中藥商品學 (3學分)
本科目主要講授中藥商品名稱與來源、藥材產地、採制或生產工藝、商品特徵、主要化學成分、鑒別與檢查、品質要求、貯藏及管理法規等基本理論和知識。
BP12407中藥新產品研究開發(3學分)
本科目主要講授中藥新產品研究開發的基本知識、技術要求和主要過程，包括：選題、組方、製備工藝研究、中試生產、制訂質量標準、穩定性研究、藥效學和作用機理研究、毒理學評價、臨床研究、產品註冊、醫藥產業的現狀和發展趨勢、數據分析、知識產權保護等內容。