重点实验室以中药质量与创新药物研究为学术发展方向, 重点研究领域包括:
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研究贵重中药材、常用有毒中药材、岭南特色中药材、动物类中药材的质量控制技术, 逐步建立技术标準。将重点采用多种LC-MS技术，结合NMR技术，建立易混淆中药材的快速辨识及鉴别方法; 建立基因条码技术鉴别药材真伪; 应用多元分析技术,建立中药多维化学成份综合质量分析技术体系; 建立重金属及农药残留等有害污染物的质谱检测方法及限量标準。
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研究中成药与中药複方制剂的质量控制技术及其质量标準。重点建立现行市场流通的含有毒药材中成药的毒性成份检测技术, 及临床安全用药毒性成份含量技术标準; 建立"药效测试-药代分析-质谱计量"三结合的中成药质量评价方法,为创新中成药研发提供创新技术支援; 建立中药複方制剂质量稳定性评价的"色谱-质谱-核磁共振光谱指纹图谱-药效指纹图谱"综合分析方法。
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中成药注射剂质量及安全性评价方法的建立。中药注射剂由于其剂型的特殊优势，已成为中药在重大疾病治疗中的优势品种，是中药制剂中科技水準最高的一种剂型。中药注射剂不良反应发生的主要原因在于其成分的複杂性和给药方式的特殊性。将从化学分析的层面对影响中药注射剂安全性的化学因素进行系统而深入的研究，包括：对中药注射剂成份的全面的化学研究；对中药注射剂生产过程中产生的人工产物的系统研究；建立分析注射剂中微量大分子成份的分析方法；建立小分子化合物、人工产物与微量大分子成份与注射剂不良反应的相关性；设立针对潜在不良反应成份的标準检测方法，用于制定相关的质量标準。
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优质创新药物研发。重点以癌症、炎症及代谢性疾病为重点研发创新中药;以控释、缓释、靶向和纳米制剂等剂型为重点研发单体中药或组分中药新药;以疾病相关蛋白和代谢途径网络为靶标, 筛选中药活性先导化合物, 发现新作用机制或新靶标药物; 应用蛋白质组学、代谢组学和糖肽组学技术筛选创新药物; 建立中药及其相关产品药代动力学与代谢产物谱图分析技术; 建立药效成份清楚、质量可控、作用靶点明确的创新中药研发技术链。
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建立中药质量控制研究和临床安全用药的核心服务技术。重点建立质谱和核磁共振光谱联用最新分析技术,为鉴定中药新化合物及药物作用新靶点或毒性靶点、及药物代谢研究提供技术服务;建立中药有毒化学成份资讯库及其相关检测技术,为疑似中药中毒病例提供快速技术鉴定服务; 建立中西药合用的药效及毒性变化信息库和相关检测技术,为中西药物临床配伍用药提供科学数据; 建立市场流通的含有毒药材中成药的毒性成份检测技术,建立临床安全用药技术检定标準。国家重点实验室建设的原则将以国家目标为首要任务, 严格按照国家科技部对国家重点实验室建设的基本要求和澳门特区政府的相关要求开展工作,力争成为具有代表国家中药质量研究水平的研究基地,即成为组织高水準中药质量控制应用基础研究、聚集和培育优秀的中药学研究多学科结合科技人才、开展高层次国际中医药合作的重要基地, 能够集成多学科结合的最新知识与技术,进行具国际先进水準的中药质量控制技术与创新药物研究,及能够针对中药学学科发展前沿和中药产业发展的关键性科技问题，开展技术创新,获取原始创新成果和自主知识产权。