自2018年4月起，澳門科技大學先後獲得國家教育部批准，與國內多所大學合作，建立六個人文社科重點研究夥伴基地及聯合實驗室。包括：

澳門傳媒研究中心，與復旦大學合作，發揮各自優勢，協同破解包括傳播理論在內的各種社科問題，同時為澳門政治經濟民生議題提供理論解釋和合理的解決方案。

澳門產權研究中心，與中南財經政法大學合作，整合優勢資源，建成海峽兩岸暨港澳地區、葡語國家地區乃至國際知名的學術機構和智庫。

澳門海洋發展研究中心，與中國海洋大學合作，以“研究海洋，服務社會”為宗旨，致力於建設澳門海洋研究的學術平台與高端智庫。

澳門會計研究中心，與廈門大學合作，深入研究會計學科理論與實踐發展，推動內地、港澳臺地區及海外會計學及相關學科的學術合作交流。

中醫藥防治腫瘤轉化醫學研究聯合實驗室，與廣州中醫藥大學合作，以中醫臨床腫瘤為先，以中藥學為紐帶，將基礎研究、臨床研究和藥物研究融於一體，共同開展前沿性和應用性的中醫藥防治腫瘤研究轉化醫學研究。

“國家語言文字推廣基地（復旦大學）澳門夥伴基地”，是中國境外首個國家語言文字推廣夥伴基地，致力於促進大灣區乃至大中華地區的文化交流與傳承。