自2018年4月起，澳门科技大学先后获得国家教育部批准，与国内多所大学合作，建立六个人文社科重点研究伙伴基地及联合实验室。 包括：

澳门传媒研究中心，与复旦大学合作，发挥各自优势，协同破解包括传播理论在内的各种社科问题，同时为澳门政治经济民生议题提供理论解释和合理的解决方案。

澳门产权研究中心，与中南财经政法大学合作，整合优势资源，建成海峡两岸暨港澳地区、葡语国家地区乃至国际知名的学术机构和智库。

澳门海洋发展研究中心，与中国海洋大学合作，以“研究海洋，服务社会”为宗旨，致力于建设澳门海洋研究的学术平台与高端智库。

澳门会计研究中心，与厦门大学合作，深入研究会计学科理论与实践发展，推动内地、港澳台地区及海外会计学及相关学科的学术合作交流。

中医药防治肿瘤转化医学研究联合实验室，与广州中医药大学合作，以中医临床肿瘤为先，以中药学为纽带，将基础研究、临床研究和药物研究融于一体，共同开展前沿性和应用性的中医药防治肿瘤研究转化医学研究。

“国家语言文字推广基地（复旦大学）澳门伙伴基地”，是中国境外首个国家语言文字推广伙伴基地，致力于促进大湾区乃至大中华地区的文化交流与传承。