大学于六月九日（星期六）上午十一时在大学体育馆-室内运动场举行2012年度毕业典礼，超过1100名本科、硕士及博士毕业生出席。行政长官崔世安先生亲临主礼，其它出席嘉宾包括：行政长官办公室谭俊荣主任、中联办文化敎育部刘晓航部长、外交部张金凤副特派员、高等教育辅助办公室苏朝晖主任，科大基金会成员及校董以及其它政府部门、奖学金赞助机构、企业机构、高校及中学代表等。
许敖敖校长在典礼上向毕业生送上诚挚的祝贺，并向一贯大力支持科大建设和发展的特区政府和社会各界表示了衷心的感谢。鼓励毕业生在新的岗位上“不息不舍、厚积成壤”，为中华民族新的崛起共谱华章。他还指出全面教育奠定大学根基，学术卓越引领大学前进。大学从通识教育、多元文化到校园活动、第二课堂入手，基本建成培养创新人才的教学模式使科大毕业生具有更强的创业意识和能力。大学顺应澳门社会的需求，不断推出新的学位课程，并注意与本澳人才市场的无缝对接，有利于解决澳门人力资源“瓶颈”和提升澳门城市的文化、教育和科技品位。
高水平的科研成果是标志大学品位的重要指标。我国中医药领域唯一的“中药质量研究国家重点实验室”落户澳门，为科大学术研究的快速发展注入了强劲的动力。在澳门科技发展基金和科大基金会全力支持下，实验室不断引入优秀科研人才及国际先进水平的仪器设备，一年多时间已取得了一批高水平的研究成果，其中包括在世界顶尖刊物“Nature”上发表学术文章，在澳门学术界实现了“零的突破”，科大的学术研究进入了快速发展的轨道。为了在科大建校廿周年，学术研究再上新台阶，大学不仅要加快国家重点实验室的建设，还将争取拥有更多的国家级研究所和研究中心，打造学术研究新的辉煌。从全面教育的开展到科研的提升，科大一直坚持不懈地努力建成为大中华地区有特色有影响的高水平大学；从各个层面上服务于澳门社会，为澳门社会的进步做更多实事。
校董会主席周礼杲教授在致辞时表示，校董会一直监督大学的管理及教学工作，为大学中长期发展政策掌舵。在常设执行机构校董会执行委员会的努力下，批准了大学申办中药学学士学位等四个新学位课程，并修订理学硕士（信息科技）学位课程和理学博士学位课程等四个学位课程。校董会肯定大学行政领导所作的努力，期待大学进一步向前发展。
行政长官崔世安先生致辞时强调特区政府继续落实加大高等教育投资的施政方针，推动本地高等教育院校发展。特区政府继续鼓励高等教育院校发挥自主管理的积极作用，逐步建立学校行之有效的评审机制，引导澳门高等教育踏上更高的台阶。另外，他赞扬科大不断发展和进步，坚持人才的全面培养，大力倡导通识教育，重视科研的开发和应用，为特区的经济社会建设贡献力量。
最后，毕业生代表致辞为是次毕业典礼画上完满的句号，毕业生的欢呼声仍余音绕梁。
