澳门科技大学的五年策略规划 (2021-2025年) 为大学的发展目标和重点发展方向制定了宏伟的蓝图。在重点发展方向中特别提出进一步加强工程学科建设以及巩固优势学科发展。
我们生活在一个创新和技术高速发展的时代。在如此充满挑战的年代，为了成功培养未来的科技人才和领导者，重新调整学术和教育的目标，巩固多学科、跨学科研发和教育的基石，已经成为全球教育工作者达成的共识。为适应时代的发展和社会的需求，大学创新工程学院 (FIE) 由此而生。
创新工程是在基础研究、应用研究和多学科交叉研究中科学和技术上的突破。创新不仅是知识经济的关键驱动力，也是探索未知世界的进取心态，是对看上去似乎不能实现的事物的创新探索和展望，是将能够创造巨大社会和经济价值的跨学科新技术、新方法和新商业模式应用的能力。
成立创新工程学院是在大学领导层深思熟虑，与持份者充分磋商，对全球大学和研究机构类似举措认真研究，以及参考了来自科技界翘楚的积极反馈而做出的重大决定。澳门科技大学创新工程学院于2022年3月27日正式成立。
创新工程学院把具实力但分散的重点研究方向集中到统一的结构和组织中，从而巩固了工程学科间的协作而提升了资源的效用，为跨学科的创建、发展、和开花结果提供肥沃的土壤，且为大学国际化集中了力度。
创新工程学院的初步组织和结构将包含以下学术单位：计算机科学与工程学院、工程科学系、材料科学与工程系以及环境科学与工程系。创新工程学院中各院系将成为以下相应研究机构依附的教学单位：澳门系统工程研究所、澳门环境研究院、澳门材料科学与工程研究院、澳门智慧城市研究院、下一代互联网国际研究院、开放智能电动车研究中心、智能机器人技术创新中心以及澳门数学研究中心。这个结构更促进了与校内其他单位的跨部门合作，包括医学院，中药质量研究国家重点实验室，埃尔文内尔博士生物物理与创新药物实验室，月球与行星科学国家重点实验室，澳门海岸带生态环境国家野外科学观测研究站和水利部数字孪生流域重点实验室。