澳門科技大學的五年策略規劃 (2021-2025年) 為大學的發展目標和重點發展方向制定了宏偉的藍圖。在重點發展方向中特別提出進一步加強工程學科建設以及鞏固優勢學科發展。
我們生活在一個創新和技術高速發展的時代。在如此充滿挑戰的年代，為了成功培養未來的科技人才和領導者，重新調整學術和教育的目標，鞏固多學科、跨學科研發和教育的基石，已經成為全球教育工作者達成的共識。為適應時代的發展和社會的需求，大學創新工程學院 (FIE) 由此而生。
創新工程是在基礎研究、應用研究和多學科交叉研究中科學和技術上的突破。創新不僅是知識經濟的關鍵驅動力，也是探索未知世界的進取心態，是對看上去似乎不能實現的事物的創新探索和展望，是將能夠創造巨大社會和經濟價值的跨學科新技術、新方法和新商業模式應用的能力。
成立創新工程學院是在大學領導層深思熟慮，與持份者充分磋商，對全球大學和研究機構類似舉措認真研究，以及參考了來自科技界翹楚的積極反饋而做出的重大決定。澳門科技大學創新工程學院於2022年3月27日正式成立。
創新工程學院把具實力但分散的重點研究方向集中到統一的結構和組織中，從而鞏固了工程學科間的協作而提升了資源的效用，為跨學科的創建、發展、和開花結果提供肥沃的土壤，且為大學國際化集中了力度。
創新工程學院的初步組織和結構將包含以下學術單位：計算機科學與工程學院、工程科學系、材料科學與工程系以及環境科學與工程系。創新工程學院中各院系將成為以下相應研究機構依附的教學單位：澳門系統工程研究所、澳門環境研究院、澳門材料科學與工程研究院、澳門智慧城市研究院、下一代互聯網國際研究院、開放智能電動車研究中心、智能機器人技術創新中心以及澳門數學研究中心。這個結構更促進了與校內其他單位的跨部門合作，包括醫學院，中藥質量研究國家重點實驗室，埃爾文內爾博士生物物理與創新藥物實驗室，月球與行星科學國家重點實驗室，澳門海岸帶生態環境國家野外科學觀測研究站和水利部數字孿生流域重點實驗室。