基础科目
BP12101中医学基础 (3学分)
本科目主要讲授中医学理论体系的形成和发展，中医学的哲学基础和主要思维方法以及中医诊察病情、分析、辨别证候的理论和方法，包括阴阳五行、藏象、气血津液、经络、病因病机、诊法、辨证和防治原则等。
BP12102基础化学 (2学分)
本科目主要讲授计量单位、有效数字、溶液的物理性质、电解质溶液、缓冲溶液、胶体溶液、化学反应、氧化还原与电位、原子结构与周期律、分子键结、配位化合物、滴定分析、分光光度法、基础有机化学知识、常见有机化合物结构及性质、对映异构、杂环化合物、高分子材料、有机合成及结构鉴定等。
BP12103基础化学实验 (1学分)
本科目主要进行实验室安全、容量分析、分析天平称量、缓冲溶液和胶体溶液配制、酸碱滴定分析、氧化还原滴定分析、分光光度法、有机化合物合成等基本操作技能的训练。
BP12104药学基础化学 (3学分)
本科目讲授化学品安全及危害、元素周期表、化学键、配位化学、化学动力学（反应速率，电解质溶液和电化学热力学等）、化学热力学（热力学第一定律、第二定律、多组分体系、相平衡体系、化学平衡等）、氧化还原反应、立体化学、常见化学官能团及性质、生物氧化还原及消除反应、有机化合物的定性、数据库及数据查询等知识。
BP12105药学基础化学实验 (1.5学分)
本科目主要进行与药学和生物医学相关的有机化学反应、有机合成及结构鉴定等基本操作技能的训练。
BP12106药用植物学 (3学分)
本科目主要讲授植物的细胞、组织及各器官（根、茎、叶、花、果实、种子）的形态学与解剖学知识，以及藻类、真菌、地衣、苔藓植物、蕨类、裸子植物和被子植物的分类学知识，重点讲授40多科植物的主要科的特征和一些重要药用植物。
BP12107药用植物学实验 (1.5学分)
本科目主要进行药用植物形态和显微观察，以及组织解剖等基本操作技能的训练，包括植物细胞、组织及各器官内部构造及植物各类器官的分部特征，藻类、真菌、蕨类、裸子植物和被子植物的形态特征和显微特征。
BP12201解剖及生理学 (3学分)
本科目主要讲授基本的人体解剖结构和生理功能，包括内脏器官、骨骼和肌肉等的位置、结构和功能，以及常用专业名词的意义。
BP12202解剖及生理学实验 (1学分)
本科目主要通过实验操作、实验及媒体影片示范等，介绍解剖生理学实验的常用器械及仪器、实验基础知识及操作技术、各器官的形态结构、细胞和组织的观察方法、组织切片标本的制作过程、常用实验溶液的配制、实验报告的撰写等，让学生对人体结构及解剖生理学的实验技术有具体的了解。
BP12203分析化学 (3学分)
本科目主要讲授经典化学分析方法、电化学分析方法、色谱分析方法，质谱和光谱分析方法的基本理论、原则和基本知识。
BP12204分析化学实验 (1.5学分)
本科目主要进行重量分析、酸碱平衡滴定、络合物平衡和滴定、氧化还原滴定、紫外分光光度法、红外光谱法、薄层层析法、柱层析法、气相色谱法、液相色谱法、质谱法等基本操作技能的训练。
BP12205中药学 (4学分)
本科目主要讲授中药的历史、产地与采集、炮制、性能、配伍、用药禁忌、剂量与用法等基本理论和知识，以及解表药、清热药、泻下药、袪风湿药、化湿药、利水渗湿药、温里药、理气药、消食药、止血药、活血化瘀药、化痰止咳平喘药、安神药、平肝息风药、开窍药、补虚药等各类约300种中药的来源、性味归经、功效、应用、用法用量和使用注意等。
BP12206生物化学及分子生物学 (3学分)
本科目主要讲授生物化学及分子生物学的基础知识，包括细胞各组成分子，如蛋白、氨基酸、碳水化合物、脂肪、核酸和其它生物分子等的结构和功能，也包括原核生物基因的结构、遗传信息的传递和基因表达的调控，以及这些生物分子与疾病的关系。
BP12207生物化学及分子生物学实验 (1学分)
本科目主要通过实验操作及媒体影片示范等，介绍生物化学及分子生物学实验的常用仪器、实验基础知识及操作技术。学生通过学习多种生物化学及分子生物学实验技术，从而对细胞基因提取、细菌培植、质粒提取法、酶的应用、基因克隆及聚合酵素链锁反应等有具体的了解。
BP12208方剂学 (2学分)
本科目主要讲授中医方剂的组方原则与变化形式，方剂与治法的关系，方剂的分类、剂型、煎服方法等基本理论和基本知识，以及解表、泻下、和解、清热、温里、补益、固涩、安神、开窍、理血、理气、治风、治燥、祛湿、祛痰、消食、驱虫、涌吐剂等18类方剂中具有代表性的208首常用基础方的组成、用法、主治、配伍意义及其加减运用。
BP12209中药化学 (4学分)
本科主要讲授中药所含各种类型的化学成分的概念、化学结构、理化性质、生物合成以及它们的提取、分离、分析和结构鉴定的基本理论和方法。
BP12210中药化学实验 (1.5学分)
本科主要进行中药化学成分的提取、分离、分析和鉴定等基本操作技能的训练。
BP12301免疫学及微生物学 (3学分)
本科目主要讲授人体免疫系统和微生物学基础理论和知识，以及一些由这些系统的功能紊乱引起的疾病，包括自身免疫性疾病的发病机制和相关的免疫系统调控、微生物与人类交互的各阶级的基本原则和概念、由细胞寄生虫、蠕虫和吸虫所引起的疾病。
BP12302药理学与毒理学 (4学分)
本科目主要讲授药物作用的基本原理和概念，药物治疗作用的科学基础，中西药物的区别，中西药物合用的利弊，现代药理学和毒理学的基本理论和方法。
专业科目
BP12303中药药剂学 (4学分)
本科目主要讲授各种中药常用剂型的概念、特点、配制理论、生产技术、质量控制与合理应用，中药制剂常用辅料的种类、性质、特点和应用，中药制剂生产常用设备的基本构造、性能和使用方法等，新剂型和新技术等。
BP12304中药药剂学实验 (1.5学分)
本科目提供以中药药剂的制备与质量控制以及相关实验技能为主的技术基础培训，包括各种中药常用剂型（溶液剂、注射剂、软膏、片剂、胶囊、丸剂、栓剂等）以及现代新剂型（如微囊、脂质体等）的制备、质量控制、稳定性试验和药物溶出度测定等内容。
BP12305中药鉴定学 (4学分)
本科目主要讲授中药的来源、产地、采收加工、性状鉴别、显微鉴别和理化鉴别等基本理论和知识。
BP12306中药鉴定学实验 (1.5学分)
本科目主要进行药材性状、显微和理化鉴定的方法及技术的培训，包括药材原植物及标本观察、组织切片和粉末的显微观察、理化分析。
BP12307中药炮制学 (3学分)
本科目主要讲授中药炮制的基本理论、炮制品的临床应用、常用炮制方法等基础知识，以及常见中药炮制品种的历史沿革、炮制工艺、性状标准、炮制原理、炮制研究等内容。
BP12308中药药理学 (3学分)
本科目主要讲授中药药理学的基本理论体系、影响中药药理作用的因素、与各类中药功效相关的药理作用、常用单味中药的药理作用以及安全用药等。
BP12309中药药理学实验 (1学分)
本科目主要进行常用的实验动物操作、疾病的动物模型制作、药理实验方法操作、中药药理作用测试、实验数据分析和报告撰写等方法及技术的培训。
BP12401中药分析 (3学分)
本科目主要讲授中药成分定性及定量分析的各种方法和技术，包括中药分析的一般特点、分析的步骤、各种现代仪器分析的原理、方法、特点及在中药分析中的应用，以及中药和中药制剂质量标准的通则检查。
BP12402中药分析实验 (1学分)
本科目通过具体的实验使学生掌握各种分析方法在中药分析中的应用，切身认识多种现代分析方法的原理、仪器设备、操作过程、适用范围、优越性以及局限性等，并学会数据的分析处理。
BP12403生物药剂学 (2学分)
本科目主要讲授药物及剂型在体内吸收、分布、代谢与排泄过程的性质定义、特点规律、影响因素和调节方法，药动学的基本概念、常用参数、隔室模型以及应用隔室模型理论求算药动学参数的方法等。
BP12404药事管理学 (2学分)
本科目主要讲授药事管理的基本概念、内地和澳门的药事管理立法，国际药事管理政策，药品注册管理，药品标识物及广告管理，药品经营管理，澳门药剂师、药房、药品和中药的管理，澳门的制药行业等，藉此指导学生认识药事管理的运行及其规则。
BP19301中药学实习 (12学分)
本科目主要进行药用植物学、中药鉴定学、中药炮制学、中药药剂学和中药质量控制等方面的实习，实习地点主要选择中药园或/和植物园、中医院或中医诊所的中药房、中药生产企业等，实习形式以带教老师的指导下的实际操作学习为主、参观见习为辅，实习时间为第三学年后的暑假期间。
BP12405专题研究 (15学分)
第四年级的学生将在导师指导下独立进行某个专业领域内的专题研究，包括进行文献检索及综述、设计研究方案和实验步骤、进行实验操作、数据处理及结果分析，课题完成后就研究结果撰写论文并进行专题汇报，使学生进一步强化所学到的理论知识，并具备一定的独立研究能力。
专业选修科目
BP12211中医营养食疗学 (2学分)
本科目主要介绍中医营养食疗的发展渊源、临床意义、食物及药物的性能，以及古今医家运用食物防治各系统疾病的经验。
BP12212医学伦理学 (2学分)
本科目主要讲授医学伦理学的历史、发展、原则、理论和方法学、现代医学伦理等。
BP12311中医养生康复学 (3学分)
本科目主要介绍中医养生康复的基本理论及基本原则、康复具体措施、康复评定法及辨证康复的方法、抗衰老的机制及抗衰延年的主要方法。
BP12312中药资源学 (3学分)
本科目主要讲授中药资源的基础知识，包括中药资源的一般概念，我国中药资源的种类、分布概况、蕴藏量，地道药材的概念和GAP的有关知识，中药资源的开发利用和可持续发展，以及中药资源的调查研究方法等。
BP12406中药商品学 (3学分)
本科目主要讲授中药商品名称与来源、药材产地、采制或生产工艺、商品特征、主要化学成分、鉴别与检查、品质要求、贮藏及管理法规等基本理论和知识。
BP12407中药新产品研究开发(3学分)
本科目主要讲授中药新产品研究开发的基本知识、技术要求和主要过程，包括：选题、组方、制备工艺研究、中试生产、制订质量标准、稳定性研究、药效学和作用机理研究、毒理学评价、临床研究、产品注册、医药产业的现状和发展趋势、数据分析、知识产权保护等内容。