环境科学与工程系是依托澳门环境研究院而成立的，是创新工程学院的四个院系之一。环境科学与工程系是致力于环境专业人才培养以及环境污染控制技术研发的重要教学和科研机构。
面向“2030碳达峰2060碳中和”双碳目标和国家生态文明建设的需求，环境科学与工程系正在建设从本科教学到博士研究生培养的全方位人才培养体系。“环境科学与管理硕士学位课程”，自2017年9月已经开始招生，计划开设“环境科学与工程”学士学位课程及博士学位课程。
环境科学与工程系依托澳门海岸带生态环境国家野外科学观测研究站（澳门野外站），两个粤港澳大湾区联合实验室包括粤港澳环境质量协同创新联合实验室和粤港澳污染物暴露与健康联合实验室，配备有用于环境分析的精密仪器设备如气象色谱高解析度质谱仪精密电子天平离子色谱仪，原子吸收光谱仪、ICP-OES、ICP-MS、HPLC等大型化学分析仪器，可满足教学和研究需求。
依托大学及相关研究平台，环境科学与工程系已经组建了一支由李行伟校长领衔的近20人具多学科背景和能力的国际化高水平团队，研究方向集中于环境水力学和近海水质模拟技术、澳门生态环境天空地海一体化智能监测技术、海岸带生态环境风险评价与预报预警技术、环境质量演化过程和调控机制、典型污染物的生态环境效应及控制技术、城市固体废物循环和管理等方面。
环境科学与工程系课程设置和人才培养兼顾扎实的基础理论知识和科学实践，定位于培养具有多学科交叉背景和国际视野，能够独立开展科学研究、工程技术方案设计，服务国家社会发展的国际化高质量科学研究、管理和工程技术人才，努力将学生培养成为未来产业界、科技界以及政府管理层所倚重的综合性环境科学与工程专业人才。
环境科学与工程系热切希望，青年学子在这里不仅能够获取知识，增长智慧，更能够创造知识，领会到终身学习的原则及重要性。