大學於六月九日（星期六）上午十一時在大學體育館-室內運動場舉行2012年度畢業典禮，超過1100名本科、碩士及博士畢業生出席。行政長官崔世安先生親臨主禮，其他出席嘉賓包括：行政長官辦公室譚俊榮主任、中聯辦文化敎育部劉曉航部長、外交部張金鳳副特派員、高等教育輔助辦公室蘇朝暉主任，科大基金會成員及校董以及其他政府部門、獎學金贊助機構、企業機構、高校及中學代表等。
許敖敖校長在典禮上向畢業生送上誠摯的祝賀，並向一貫大力支持科大建設和發展的特區政府和社會各界表示了衷心的感謝。鼓勵畢業生在新的崗位上“不息不捨、厚積成壤”，為中華民族新的崛起共譜華章。他還指出全面教育奠定大學根基，學術卓越引領大學前進。大學從通識教育、多元文化到校園活動、第二課堂入手，基本建成培養創新人才的教學模式使科大畢業生具有更強的創業意識和能力。大學順應澳門社會的需求，不斷推出新的學位課程，並注意與本澳人才市場的無縫對接，有利於解決澳門人力資源“瓶頸”和提升澳門城市的文化、教育和科技品位。
高水平的科研成果是標誌大學品位的重要指標。我國中醫藥領域唯一的“中藥質量研究國家重點實驗室”落戶澳門，為科大學術研究的快速發展注入了強勁的動力。在澳門科技發展基金和科大基金會全力支持下，實驗室不斷引入優秀科研人才及國際先進水平的儀器設備，一年多時間已取得了一批高水平的研究成果，其中包括在世界頂尖刊物“Nature”上發表學術文章，在澳門學術界實現了“零的突破”，科大的學術研究進入了快速發展的軌道。為了在科大建校廿周年，學術研究再上新台階，大學不僅要加快國家重點實驗室的建設，還將爭取擁有更多的國家級研究所和研究中心，打造學術研究新的輝煌。從全面教育的開展到科研的提升，科大一直堅持不懈地努力建成為大中華地區有特色有影響的高水平大學；從各個層面上服務於澳門社會，為澳門社會的進步做更多實事。
校董會主席周禮杲教授在致辭時表示，校董會一直監督大學的管理及教學工作，為大學中長期發展政策掌舵。在常設執行機構校董會執行委員會的努力下，批准了大學申辦中藥學學士學位等四個新學位課程，並修訂理學碩士（資訊科技）學位課程和理學博士學位課程等四個學位課程。校董會肯定大學行政領導所作的努力，期待大學進一步向前發展。
行政長官崔世安先生致辭時強調特區政府繼續落實加大高等教育投資的施政方針，推動本地高等教育院校發展。特區政府繼續鼓勵高等教育院校發揮自主管理的積極作用，逐步建立學校行之有效的評審機制，引導澳門高等教育踏上更高的台階。另外，他讚揚科大不斷發展和進步，堅持人才的全面培養，大力倡導通識教育，重視科研的開發和應用，為特區的經濟社會建設貢獻力量。
最後，畢業生代表致辭為是次畢業典禮畫上完滿的句號，畢業生的歡呼聲仍餘音繞梁。
