科研管理处于2004年6月成立,主要负责以下七项主要工作:一、研究与制订相关科研政策;二、编辑与出版《澳门科技大学学报》;三、组织申报各类科研项目及过程管理;四、申报与管理科研成果与奖励;五、参与大学研究委员会秘书处工作;六、管理和保护科研知识产权;七、转移及转化相关科技成果。除此之外,科研管理处亦与澳门科学技术发展基金会(Fundo para o Desenvolvimento das Ciências e da Tecnologia)、广东省科技厅(Department of Science and Technology of Guangdong Province)、国家科技部以及自然科学基金委员会(National Natural Science Foundation of China)等机构合作,并协助校内教授及专业研究人员申请各项科研项目。