粵港澳大灣區是中國最具經濟活力的地區之一，也是世界上先進製造產業的聚集地。大灣區承擔著國家產業升級和科技創新的歷史使命。隨著網路、計算技術和智能技術的發展，大灣區的製造系統、社會服務系統、交通網絡、環境系統、物流等變得異常複雜。作為大灣區西岸中心的澳門承擔着對灣區發展做出重要貢獻的使命。著眼於科技創新與人才培養，展開複雜系統優化與智能化研究，澳門系統工程研究所(MISE)成立於2014年6月。作為澳門科技大學屬下的科研機構，MISE將聚焦理論前沿和技術創新，聚集和培養多學科人才，為社會和經濟發展服務。目標是近期內將研究所建設成國際知名的系統工程研究與人才培養基地。目前主要有以下研究方向：
- 智能控制和智能技術基礎理論
- 智能製造系統
- 智慧城市
- 人工智能及水生態
研究所聚集了多位本領域知名專家學者，其中有4名Thomson Reuters高被引學者，5名IEEE Fellow。研究所與美國、加拿大、法國、義大利、德國、中國內地等20多個國家和地區的著名大學和研究機構有密切的合作關係。已與中國科學院自動化研究所“複雜系統管理與控制”國家重點實驗室設立“智能科學與系統聯合實驗室”，目的是籌建國家重點實驗室。研究所承擔多項由澳門科技發展基金，國家自然科學基金，及工業介資助的研究項目。
研究所有“智能科學與系統(Intelligent Science and Systems)”博士學位課程和“智能技術(Intelligent Technology)”碩士課程，每年招收20多名博士研究生和40多名碩士研究生。