澳門科技大學建校於二零零零年，同年設立中醫藥學院，現已成為澳門特區唯一擁有完整中醫藥教育課程體系的高等學府，包括中醫學和中藥學本科教育課程，及中醫學、中藥學、中西醫結合碩士和博士研究生教育課程，博士後研究工作站等。
一九九九年澳門回歸後，特區政府致力發展高等教育，為澳門特區的社會和經濟發展儲備人才資源，科大中醫藥學院由此應運而生。二零零年建院伊始，學院率先開辦了五年全日制中醫學學士課程，開創了澳門中醫藥高等教育的先河，也是澳門中醫藥發展史上的重大里程碑。隨後又創辦了中藥學本科學位課程，及中醫學、中藥學、中西醫結合碩士和博士學位課程，二零一一年建立了中藥質量與創新藥物研究博士後工作站，標誌著澳門擁有了完整的中醫藥高級人才培養體系。現今，學院已成為我國中醫藥高等教育的重要組成部分，也是中國內地和澳門特區中醫藥教研合作的重要基地。學生除來自本澳外，也有許多內地的有志青年前來求學。許多本地畢業生成為了澳門中醫藥隊伍新的生力軍，倍受廣大市民贊許；許多內地生畢業後，繼續在港澳及海內外教研機構深造，或回內地參加全國中醫執業考試而從業。
學院特別注重課程質量與特色，注重完善學生的知識結構和培養實際工作能力。在課程設計和教學過程中，既充分吸納中國內地中醫藥高等教育的辦學經驗、優秀師資和臨床教學設施，又致力培育澳門自身的中醫藥教育特色，尤其是培育學生的創新精神和創新能力，及畢業後在國內外的多元化事業發展潛力。目前，學院擁有一支曾在海內外知名學府工作或學習經驗的優秀師資隊伍，包括中醫藥理論造詣深厚及臨床經驗豐富的中醫藥專家，或在中醫藥研究領域富有成就的知名學者，故能為發展優質教育課程和培養優秀人才給予堅實保障。學院與南京中醫藥大學、廣州中醫藥大學等著名的中醫藥高等學府長期合作，為學生提供優良的臨床實習和臨床研究基地。學院現有臨床教學醫院五家，臨床畢業實習醫院四家，均為國家三甲級中醫院。澳門科技大學基金會直轄科大醫院的快速發展，將為學生臨床實習提供更為優越的條件。學院鼓勵學生積極參加各種學術活動，包括大學常年開設的“科技大師講座”，使學生有機會聆聽中國科學院院士和中國工程院院士等眾多國內外著名學者分享其成功經驗與卓越成就，開闊視野及拓寬知識面。學院經常組織學生參與各種校內外研習活動和鼓勵學生參與海外交流計畫，亦與美國、葡萄牙、香港、中國內地等知名教研機構建立了合作關係，為學生海內外研習及畢業後於海內外就業提供更多選擇。在教學語言方面，學院將中醫藥本科課程的部分科目採用英文授課，中醫和中西醫結合研究生課程鼓勵更多科目以英文授課，中藥博士學位課程則以全英文授課及論文答辯等，旨在因材施教，強化學生的英語能力訓練。學院亦鼓勵學生參與大學的各種課餘活動及學生社團，培養學生的組織能力和社會實踐能力。
學院大力發展研究生教育和學術研究，將人才培養與科學研究緊密相結合。在中醫和中西醫結合研究生培養方面，除本院師資與教學實施外，還充分利用廣州中醫藥大學和南京中醫藥大學多間附屬醫院的優良師資與條件，實行聯合培養、優勢互補。中藥學博士及碩士研究生培養，依託本大學的中藥質量研究國家重點實驗室進行（詳見大學網頁中藥質量研究國家重點實驗室介紹）。該實驗室是我國中醫藥領域迄今唯一的國家重點實驗室，擁有中國工程院院士、高被引用科學家（Highly Cited Scholars）、講座教授、教授、副教授、助理教授等完整的學術梯隊，能為每位研究生配備高水準的導師小組。近年來，重點實驗室的專家學者，已在世界頂尖科學期刊《自然》(Nature)和《新英格蘭醫學雜誌》 (The New England Journal of Medicine)發表學術文章，其他研究論文大多數也於國際SCI期刊發表。劉良講座教授研究團隊的“抗關節炎中藥製劑與活性評價的方法創新及產品研發”項目，獲得2012年度國家科學技術進步二等獎。國家重點實驗室用房面積逾5200平方米，化學分析和生物活性評價用房各占一半，擁有一大批最高端的化學分析和生物活性評價儀器設備，亦是我國最大的中藥化學質譜分析中心，擁有各類化學分析質譜儀21台，包括世界最先端的質譜分析-核磁共振聯用儀（LC-SPE-NMR），單台設備逾1,400萬港元。實驗室已與世界著名分析儀器公司---安捷倫科技公司和布魯克公司、廣州醫科大學呼吸疾病研究國家重點實驗室、南京大學生物醫藥技術國家實驗室、深圳華大基因研究院等國內外知名學術機構建立了聯合實驗室。目前，重點實驗室承擔著一大批由澳門特區政府和國家政府部門研究基金資助的各類研究課題，及美國國家健康研究院（NIH）等海外知名的教研機構和醫藥企業的合作研究項目，故能充分保障研究生所需的研究經費。大學更為優秀的入讀研究生提供學習全程的全額獎學金。可見，學院是有志從事中醫藥研究年輕學子深造求學的理想之地，學院為成就各位學子的理想，努力提供最佳的師資、最優越的條件、最有力的支援。