FDCT相關
（項目負責人(PI)可承擔在研項目最多 3 項，詳見FDCT的現行管理辦法）
（FDCT接受學院蓋章，但是否符合內地合作方的要求，需要PI與合作方確認。如果協議書蓋學院公章，則不需要向科研處提交簽署申請。）
（根據基金的通知，如果以澳門科技大學作為主要申請方，是可以擁有澳門的合作方的，但需要注意的是：所以申請的經費都應該歸澳門科技大學所有，澳門的合作方不能從中申請任何經費。）
（根據基金要求，協議書上建議都需要包含具體的申請金額以及經費分配比例等必要信息。）
（項目負責人在Wemust公文系統中向所屬院系領導提交協議書的簽署申請，之後將由科研處以及學校領導進行審核，一般至少需要一週時間，待審批完成后，協議書將會由科研處提交到校長辦公室進行簽字蓋章流程，需時大概三天。）
（請PI嚴格遵守字數限制。）
（根據基金規定，所有項目本地成員必須持有澳門的合法工作許可：外地僱員身份認別證；澳門永久或非永久身份證。）
（根據基金建議，請項目PI填寫的時候需要全部使用繁體字，應該避免繁簡共用的情況。）
（登入基金的開戶系統（https://apps.fdct.gov.mo/ams/public/account/step1.faces ）提交開戶申請，需要填寫正確的姓名以及所屬單位；需要使用澳門合法工作證明文件作為填寫的證件（澳門外地僱員身份認別證；澳門永久或非永久身份證），另外也需要使用大學郵箱以及澳門本地的手機電話號碼進行開戶登記。）
（如果項目申請人有任何賬戶信息需要變更（包括電話、姓名、證件更新）請在項目申請之前聯繫科研處，以便協助變更賬戶信息。）
財務、經費報銷等
遵校方安排，目前科研處主要負責處理的項目有：科技發展基金(FDCT)項目、高教基金(DSEDJ)項目，以及其他澳門政府機構資助的橫向項目。此外，珠海研究院項目也由科研處管理。
項目批函中會標示出項目執行時間，只要是項目在研期間，符合資助範圍的經費，均可申報。如項目已產生費用，建議盡快上單申報。
項目組填寫“經費開銷申請表”（粉紅單），並後附報銷內容相關的文件材料。如勞務費，需後附人員有效合法工作證件、簡短CV等。相關報銷要求所需文件，請於Wemust中科研處部門文件內查閱。此外，科研處每年都會舉辦項目經費報銷說明會，建議項目組人員積極參與。
項目組提交報銷文件後，科研處會依據大學內部流程跟進。如需採購，則會轉送文件至大學總務處跟進。如報銷文件有疑問，科研同事會電郵聯絡項目組人員確認。項目組人員請隨時查看電郵，並及時回復，以便跟進。
校內老師的勞務費，按大學相關規定，經HR於每月工資中發放；其他人員實報實銷的費用，由科研處以支票的形式，委託學院行政同事代為發放。供應商的款項，基本是以支票或國際匯款的形式進行。
澳門本地供應商，不能進行匯款。所有申報供應商的款項，均需提供“付款申請表”，包括澳門供應商。
項目在研過程中，因“付款申請表”提供的收款人或供應商賬戶有誤，而導致產生退匯/改匯等額外費用，均需由項目組或供應商承擔。
票據抬頭應依據資助機構的要求填寫。如FDCT，發票抬頭應為：澳門科技大學；其他無需填寫。珠海研究院的發票抬頭應為：珠海澳科大科技研究院，統一社會信用代碼：5244 0400 3105 4809 8G，單位地址：珠海市横琴新区环岛东路1889号创意谷21栋401室-07卡位。
項目組上單後，科研處會按照流程跟進，如涉及採購，會轉至大學總務處跟進，完成採購後，總務處將整份文件退回至科研處。科研處以匯款形式支付供應商款項後，科研同事會發送銀行回單郵件至項目組跟進同事，請及時查收。項目組同事收到郵件後，請及時通知供應商核對並提供相應收據！
項目負責人發電郵給科研處，查詢項目經費使用情況，然後據此填寫預算調整表，以郵件形式提交給科研處複核，確認無誤後，打印簽名交科研處跟進遞交資助機構。。
項目結題時，資助機構判定不獲報銷的款項，需由項目組退回給大學轉交回資助機構。
項目報告中的財務數據，會由科研處統一代為填寫。如項目負責人想了解項目經費使用情況，建議可由Wemust系統中“科研”模塊進行查詢。
大學博士後&獎勵
從Wemust公共文檔中下載博士後申請表，填妥後同時附上所要求的附件，提交項目負責人及院所負責人簽字後送交科研管理處審核。
一般情況下，大學將博士後申請文件提交文化司及勞工局後，政府審批時限為4個月，因此進站時間大約為申請時四个月後，實際入職時間以勞工局最終批示為準。
普通博士後至少提前一個月同時向人力資源處及科研管理處提出書面離職申請，並從Wemust公共文檔中下載博士後離職申請表，填妥後同時附上所要求的附件，提交項目負責人及院所負責人簽字後送交科研管理處審核。
已接收的論文不可申請評鑒，一般情況下，正式發表的論文方可申請評鑒，如論文已在線發表（online）並已有DOI，亦可提出申請，論文將按照在線發表時的實際情況進行評定，正式見刊後不可再重複申請或變更。
從2022年9月1日開始，科研處將定期評估學術論文，並請老師核准。經審核通過後將統一發放獎勵津貼於工資卡中
科研項目相關
校內截止時間：為校內審核時間，科研處收到老師申請資料後，進行基本的形式審查、呈校領導審核、校領導簽署確認等流程，上述流程須在官方截止時間前完成。
官方截止時間：資助機構截止接收申請的特定時間。
目前縱向項目的資助機構都沒有明確其資助比例。一般情況會因應當期項目申報情況以及項目質量作出批示。
鑒於每家機構申請要求不一，具體材料應按照機構要求準備。一般情況，科研處收到資助機構通知後，會隨即向各學院老師以郵件、WEMUST資訊形式傳達項目申請詳情。鑒於每家機構申請要求不一，具體遞交材料請參考對應項目的通知內容。
若預算需統一幣種申報，建議以當日的電匯賣出價作準，需要保留相關截圖。
《科大學報》相關
投稿者可從澳門科技大學網站，於「學術支援區」尋找「科研管理處」，點擊進入「科大學報」，便可瀏覽相關資訊與規定。
為完善《科大學報》之體系與學術素質，編輯部特訂定稿約與撰稿格式讓投稿者遵照執行。有關文件可從澳門科技大學網站之科研管理處「科大學報區」中下載。
文章審查時程約40天。一般而言，編輯部收到稿件後即發查重。通過初審後，會呈送予編輯委員會決定審查專家人選。編輯部會根據推薦人選邀請匿審，過程需時半月；如蒙同意，編輯部會給30天至35天予專家評審。上述時程僅供參考，實際情況需以专家時程為準。
《科大學報》為一海內外綜合性學術期刊，為鼓勵各領域之專才投稿，本刊並沒有收取任何版面費。此外，本刊不付稿酬；如成功刊登，本刊贈送當期學報四本，文章抽印本十五本。有關規定請詳閱本刊稿約。
如稿件評審意見為「修後採用」，編輯部會整理專家意見回傳予作者，作者需根據評審意見，填妥評審意見回應表，並在時限內回傳至編輯部；如稿件評審意見為「修後重審」，流程與上述一樣，唯最後會呈送編輯委員會擬定專家人選作第三次評審。
完成審稿與修改後，編輯部會製作「文章刊登確認表」呈送主編審閱。如主編認為稿件尚有完善之處，則發還修改；如順利通過，編輯部會立即展開排版與校對作業，再送廠商印刷，過程需時15天至30天不定。
根據本刊〈退稿與撤稿規定〉，如經查實後發現抄襲行為，本刊一律予以退稿，並紀錄在案，不再接受同一人投稿。
承如上述，詳情請參閱本刊之〈退稿與撤稿規定〉。
珠海研究院相關
簡述：向原單位提出申請—2.完成網上系統的信息變更—3.打款—4.立項—5.完成。
- 原依託單位同意項目轉出。老師需出具“原依託單位同意轉出”憑證檔。
- 完成國自然網上系統的資訊變更。
- 老師可先向原依託單位相關負責人瞭解相關情況，並從國自然網上系統下載《依託單位信息變更申請表》並完成個人信息填寫。
- 交由珠海研究院負責協調上述《申請表》中“新轉入依託單 位”（即珠海研究院）部分的簽字及蓋章。
- 取回《申請表》，並郵寄回原依託單位。由原依託單位完成網上系統的信息變更。
- 打款。科研處審閱網上系統資訊，如審閱成功，通知老師向珠海研究院賬戶 進行“打款”。
- 立項。“打款”完成後，確認雙方提供的憑證信息。如無疑問，告知科研管理處開始立項。立項需老師提供相關資料，如無疑問，則完成立項。
- 項目成功轉入。
若已有《科研項目推薦表》並且獲得了主管部門領導的確認，可直接發送郵件至珠海研究院公共郵箱mustzh@must.edu.mo;申請用章即可。
若不屬於上述情況，為其他申請用章情況，則需完整說明用章需求事宜，並出示相關主管部門領導批准“同意申請用章”的憑證，發送郵件至珠海研究院公共郵箱。
珠海研究院已于2022年获得博士后分站资质，各位PI可在珠海研究院博士后分站进行博士后人员的招收。
珠海研究院的科研管理制度在遵循《澳門科技大學科研管理條例》的基礎上，進行了部分修改。內部人員可前往Wemust系統參考。
在獲得相應部門領導同意後，申請入駐者可發送郵件至珠海研究院郵箱mustzh@must.edu.mo，提出入駐申請，並獲取《入駐申請表》。完成申請表內資料填寫，並獲得部門相應領導審批，交回給珠海研究院審核。熟讀《珠海研究院入駐管理條例》要求，並簽字；完成入駐。